В настоящее время на Федеральное медико-биологическое агентство (ФМБА России) возложены полномочия по МСЭ в целом и предстоящей реорганизации службы медико-социальной экспертизы, реорганизации и модернизации службы крови России, в развитии дистанционной консультативно-диагностической службы ФМБА России, программе улучшения оказания медицинской помощи при ДТП, программе развития радиологических центров, программе развития центров вспомогательных репродуктивных технологий и др.
В 2007 году на территории Российской Федерации введены в действие Международные медико-санитарные правила, одобренные 58 сессией Всемирной ассамблеи здравоохранения. 15 мая 2008 года был издан Приказ Федерального медико-биологического агентства № 166 «О реализации Международных медико-санитарных правил» с целью совершенствования мероприятий по санитарной охране территорий и организаций, обслуживаемых ФМБА России. Основная цель этих правил - предупредить международное распространение болезней посредством профилактических и противоэпидемических мероприятий, не создавая при этом излишних препятствий для международных поездок, перевозок и торговли, а также уменьшения риска распространения болезней в международных аэропортах, портах и наземных транспортных узлах.
В настоящее время Министерством здравоохранения и социального развития Российской Федерации в рамках национального проекта «Здоровье» реализуется масштабная программа технического переоснащения учреждений службы крови. Непосредственное исполнение программы возложено на Федеральное медико-биологическое агентство. За счет средств федерального бюджета всего в течение ближайших лет должно быть приобретено 100 типовых базовых комплектов оборудования по заготовке, переработке, исследованию и хранению донорской крови и ее компонентов с последующей его передачей в федеральные учреждения службы крови, а также в собственность субъектов Российской Федерации. В рамках проекта реорганизации службы крови предусмотрено создание единой информационной сети службы крови России. В результате создания информационной донорской базы будет возможно отстранение от донорства лиц с абсолютными противопоказаниями еще на стадии регистрации, что повысит уровень безопасности компонентов крови. Регистр запасов крови обеспечит возможность эффективного управления ресурсами крови в масштабах города, региона, всей страны. ФМБА России на основе анализа ситуации с донорством крови в различных субъектах Российской Федерации формирует рейтинги учреждений службы крови с целью их включения в программу оснащения, начиная с 2008 года и на последующие периоды.