Причинами загрязнения поверхностных водных объектов в области является сброс неочищенных, недостаточно очищенных и не обеззараженных сточных вод с коммунальных, промышленных, сельскохозяйственных объектов, а также сброс ливневых, талых, шахтных, дренажных вод, воды с оросительных систем и т.д.
Продолжается использование эпидемически опасной воды непосредственно из р. Дон без очистки и обеззараживания (2008 г. - 11100 чел., 2007 г - 11320 чел., 2006 г - 10881 чел.) для питьевых целей в населённых местах Азовского, Багаевского, Волгодонского районов. Превышение предельно допустимых концентраций (ПДК) в поверхностных водных объектах области наблюдается по показателям сухого остатка (0,1-2,4 ПДК), нефтепродуктов (0,1-2,5 ПДК), жесткости (0,2-2,6 ПДК), сульфатов (1,1-1,9 ПДК), железа (0,5-4,1 ПДК), БПК5 (1,2-2,2 ПДК), ХПК (1,2-3,6 ПДК). Пестициды в 2008году в поверхностных водоисточниках или не были обнаружены, или не превышали значений ПДК.
Микробиологическое загрязнение водных объектов в местах водозаборов в 2008 г в основном представлено общими и термотолерантыми колиформными бактериями (93,5% проб от общего количества не отвечающих гигиеническим нормативам проб), колифагами - 29% (2007 г. соответственно 95% и 21,2%, 2006 г. - 91,3% и 35,7%, 2005 г. - 90% и 40,9%, 2004 г. - 94% и 57%). В водоемах 2 категории водопользования основная доля проб воды, не отвечающих гигиеническим требованиям, также приходилась на общие и термотолерантные коли- формные бактерии (92,3%), колифаги (14,5%), в 2007г соответственно 77% и 33,4%. Патогенная микрофлора в поверхностных источниках водоснабжения населения области в прошедшем году 2008 г. не обнаруживалась.
В Ростовской области находится 167 предприятий имеющих выпуски сточных вод, как хозяйственно-бытовых, так и шахтных, коллекторно-дренажных, производственных в водные объекты.